分子蒸餾是一種特殊的液-液分離技術。與傳統蒸餾不同，它依賴于沸點差分離原理，但依賴于不同物質平均自由程的差異。
當液體混合物沿著加熱板流動并被加熱時，輕分子和重分子將從液面逸出并進入氣相。由于輕分子和重分子的自由路徑不同，不同物質的分子在脫離液面后移動的距離也不同。如果能正確設置冷凝板，輕分子將到達冷凝板并冷凝排出，重分子無法到達冷凝板并沿混合液體排出。這樣就達到了物料分離的目的。沸騰膜和冷凝表面之間的壓差是蒸汽流動方向的驅動力。對于較小的壓降，它將導致蒸汽流動。在1mbar下運行需要沸騰表面和冷凝表面之間的很短距離。根據這一原理制造的蒸餾器稱為短程蒸餾器。短程蒸餾器(分子蒸餾)在受熱面對面有一個內置冷凝器，可將工作壓力降至0.001mbar。
短程蒸餾器是一種在1~0.001mbar壓力下工作的熱分離技術。它具有低沸點，非常適用于熱敏性和高沸點物質。其基本組成：帶加熱套的圓柱形圓筒、轉子和內置冷凝器;刮膜器和防濺裝置準確安裝在轉子固定架上。內置冷凝器位于蒸發器的中心，轉子在圓柱形圓筒和冷凝器之間旋轉。
短程蒸餾器由一個外部加熱的垂直圓筒、一個位于其中心的冷凝器和一個在蒸餾器和冷凝器之間旋轉的刮膜器組成。
蒸餾過程是：從蒸發器頂部添加物料，并通過轉子上的料液分配器連續均勻地分布在受熱面上。然后刮膜器將料液刮成一層非常薄的湍流液膜，并以螺旋狀向下推動。在這個過程中，從受熱面逸出的輕分子在內置冷凝器上通過一條短路徑幾乎沒有碰撞地冷凝成液體，沿著冷凝器管向下流動，并通過蒸發器底部的排放管排出;殘余液體，即重分子，被收集在加熱區下方的環形通道中，然后通過側面的排放管流出。
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